3 juin 1962. Naissance à Madagascar.
1964. Ses parents  rentrent en France. Ils décident d’élever leurs quatre enfants - nés au Maroc et à Madagascar - à la campagne.
1970-1979. Installation à Paris. Elève turbulent et particulièrement peu disposé pour les études scolaires, Frédéric change trois fois de lycée (Victor Duruy, Buffon, Camille Sée). Adolescent, il découvre des auteurs comme Hesse ou Dostoïevski qui l’éveillent aux questions existentielles. A 15 ans, il se passionne pour la philosophie en lisant les Dialogues de Platon, et pour l’astrologie à travers les livres d’André Barbault.
1980-1985. Le psychologue suisse Carl Gustav Jung marque en profondeur son itinéraire intellectuel et stimule son désir de mieux connaître les grands mythes et les religions de l’humanité. D’abord intéressé par les spiritualités orientales, notamment le bouddhisme tibétain qu’il découvre à travers les ouvrages de Chogyam Trungpa, il s’intéresse à la Kabbale et suit des cours de symbolique sur les lettres hébraïques. Bien que très libérale, son éducation catholique lui a laissé plutôt un mauvais souvenir – trop d’insistance sur le dogme et la morale - et le christianisme ne l’intéresse pas. A 19 ans, il lit les Evangiles pour la première fois. C’est un véritable choc. Avec son ami d’enfance, Emmanuel Rouvillois, qui deviendra plus tard moine sous le nom de frère Samuel, il entame des études de philosophie à l’université de Fribourg, en Suisse, et fait la rencontre décisive de deux professeurs hors pair : le philosophe dominicain Marie-Dominique Philippe (avec lequel il réalisera, en 1994, le livre d’entretiens Les trois sagesses) et le philosophe et talmudiste Emmanuel Lévinas, qui lui laissera un beau texte testament sur l’éthique dans son livre Le Temps de la responsabilité (1991). Parallèlement à ses études philosophiques, il mène une quête spirituelle personnelle qui le conduit à séjourner plusieurs mois en Inde et en Israël, ainsi que dans des ermitages et des monastères chrétiens en France.
1986. Editeur au département religieux des éditions Fayard, il publie également comme auteur plusieurs ouvrages d’enquêtes sur des thèmes philosophiques et spirituels.
1991. Il démissionne de  son poste d’éditeur pour se consacrer davantage à la recherche universitaire et à l’écriture et entame une thèse de doctorat à l’Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales sur le bouddhisme en Occident.
1992. Passionné par les questions écologiques, il participe à la fondation de l’association « Environnement sans frontières ». Il publiera en 2003 un livre d’entretiens avec son ami Hubert Reeves, Mal de Terre, qui lance un cri d’alarme face aux menaces pesant sur la planète .
1994. Il devient chercheur associé à l’Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales (EHESS). A la suite d’Edgar Morin, l’un de ses maîtres intellectuels, il aborde le fait religieux dans une approche pluridisciplinaire  mêlant philosophie, sociologie et histoire.
1997. Publication de l’Encyclopédie des religions, qu’il a conçue et dirigé avec Ysé Tardan-Masquelier, (2500 pages, 2 tomes, 150 collaborateurs).
1996-2000. Il collabore régulièrement à L’Express.
1998. Il écrit et réalise pour la télévision, en collaboration avec Lolande Cadrin-Rossignol, une enquête internationale sur le phénomène sectaire. La série documentaire de 5 épisodes de 52’, intitulée « Sectes, mensonges et idéaux », est diffusée en France sur la Cinquième et dans de nombreux pays. Il est aussi co-auteur d’un documentaire sur le Dalaï-Lama diffusé sur Canal + et d’une série de trois 52’ sur la Cinquième intitulée « Dieu a changé d’adresse ».
1998-2005. Il réalise, parfois seul, parfois en collaboration avec Catherine David et Jean-Philippe de Tonnac, de nombreux livres d’entretiens avec des personnalités aussi diverses que l’abbé Pierre, Umberto Eco, Stephen Jay-Gould, Jean Vanier, Hubert Reeves ou Jean-Claude Carrière.
1999. Il soutient sa thèse de doctorat de l’EHESS (sous la direction de Danièle Hervieu-Léger obtenue avec les félicitations du jury à l’unanimité). Il la publie en deux ouvrages : Le bouddhisme en France et La Rencontre du bouddhisme et de l’Occident.
2001. Publication d’un conte philosophique, Le secret.
2002. Il publie, en collaboration avec Ysé Tardan Masquelier, Le Livre des sagesses (2000 pages, 60 auteurs).
2001-2003. Il est chroniqueur à Psychologies Magazines.
2003. Il synthétise ses recherches sur la religion dans le monde moderne à travers un essai, Les métamorphoses de Dieu, qui obtient le prix européen des écrivains de langue française.
2003. Publication du premier des 4 tomes de la série BD La prophétie des deux mondes dont il est le scénariste (dessins d’Alexis Chabert).
Mars 2004. Il publie en collaboration avec Violette Cabesos un thriller historique, La Promesse de l’ange, qui obtient le prix des maisons de la presse. Le livre est un best seller en France (280 000 exemplaires) et à l’étranger (20 traductions dont les Etats-Unis).
Juillet 2004. Il prend la direction du magazine Le Monde des religions, un bimestriel qui offre une approche laïque et culturelle du fait religieux.
Septembre 2004. Publication de l’Encyclopédie des savoirs et des croyances sur  la mort et l’immortalité (en collaboration avec Jean-Philippe de Tonnac), une somme de 1200 pages avec 60 collaborateurs.
Novembre 2004. Il publie avec Marie-France Etchegoin Code da Vinci, l’enquête, un décryptage du best seller de Dan Brown, qui connaît un grand succès (300 000 exemplaires en France) et est traduit en une vingtaine de langues.
2005. Publication de Mon Dieu…Pourquoi ? Un livre d’entretien avec l’abbé Pierre qui suscite bien des remous dans l’Eglise. L’ouvrage connaît aussi un grand succès en France et dans de nombreux pays.
Septembre 2006. Le Monde des Religions fête ses trois ans. Contrôlée par l’OJD, la diffusion a progressé de 27% en 2005 et la progression continue en 2006 permettant au titre d’atteindre pour la première fois l’équilibre avec une diffusion payante de plus de 63 000 exemplaires.
Octobre 2006. Publication de L'Oracle della Luna, un grand roman d’amour et d’aventure, mais aussi un thriller initiatique dont l’action se déroule au cœur de la Renaissance. Vendu à plus de 65 000ex en grand format et en cours de traduction dans une quinzaine de langues.

Octobre 2007. Publication de l'essai : le Christ Philosophe, réimprimé 12 fois en trois mois et vendu à 50.000 ex., le livre suscite de vifs débats. Actuellement en cours de traduction en 5 langues.

Avril-mai 2008 : Publication du tome 4 de la Prophétie des deux mondes et sortie en poche de L'Oracle della Luna.

Juin 2008. Publication de l'essai Tibet, le moment de vérité et parution de la BD L'Elu. Le fabuleux destin de George W. Bush.

Toutes éditions et tous genres confondus (romans, essais, encyclopédies, entretiens, bande dessinée…), Frédéric Lenoir a vendu un peu plus de deux millions et demi de livres dans 25 pays. Il vient d'écrire une pièce de théatre "Bonté Divine", comédie qui sera jouée au théatre de la Gaîté Montparnasse en janvier 2009, avec Roland Giraud dans le rôle principal. Il partage sa vie entre Paris et sa maison située dans la forêt de Fontainebleau.  Il travaille actuellement à son prochain roman, à un essai d'histoire des religions et à un scénario de cinéma.